機器提供的最新疑犯是一個國際商人，詹姆斯·孔，孔本應前往倫敦，但在紐約稍事停留。原來他認為自己得了感冒，里瑟尾隨他到了醫(yī)院。醫(yī)生為他注射了流感疫苗。終于，肖逃跑成功，她用消防斧一路挖到了一座監(jiān)獄，通過跟犯人交談，肖得知自己在南非約翰內斯堡。福思科通過調查黑道使用的卡車，找到伊里艾斯之前的手下，通過索要卡車司機的名單，查到了杰夫，殺死克魯帕的兇手（第5集）。　　孔猝然倒地，護士在第一時間為孔進行了電擊復蘇，但孔還是難免一死。醫(yī)生找不到其中的原因，因為流感既不會猝死，也不會吐血。醫(yī)生對醫(yī)院進行了封鎖，芬奇也趕來了現(xiàn)場，和里瑟一起進行調查。醫(yī)院里，有人通過手機看到新聞，得知醫(yī)院封鎖的原因可能是高致命性傳染性病毒，人群開始恐慌?？椎氖瑱z結果顯示，在進醫(yī)院前，孔就得了H5N1型禽流感，再加上為他注射的減毒性人流感病毒，兩者是致命而且傳染的。　　疫情開始蔓延，有人開始咳血。杰夫也在醫(yī)院，他被撒瑪利亞的人員派到這里，并被指示殺死并陷害三名醫(yī)生。通過和根溝通，芬奇發(fā)現(xiàn)幕后操縱者，依舊是撒瑪利亞。這三名醫(yī)生發(fā)現(xiàn)了醫(yī)療系統(tǒng)的漏洞，而撒瑪利亞是醫(yī)療系統(tǒng)的建設者，這對撒瑪利亞是威脅，于是撒瑪利亞試圖偽造一起疫情，并陷害于三位醫(yī)生。里瑟發(fā)現(xiàn)了杰夫，但沒能阻擋杰夫注射病毒到其中一個醫(yī)生和福思科體內。事后杰夫逃脫了。機器根據(jù)病毒找到了抗病毒劑，根偽裝成醫(yī)護人員把這些抗病毒劑送到了醫(yī)院，控制了疫情。　　格瑞爾的手下攔住了肖，他試圖改變肖的想法，讓她覺得這次逃跑仍是模擬，但肖沒有聽信。肖開槍殺死格瑞爾的手下，逃出監(jiān)獄。肖開上一輛卡車，聽到了廣播中紐約疫情的消息。福思科申請調離，取消和里瑟搭檔，因為他對里瑟隱瞞真相一事再也無法忍受。杰夫和撒瑪利亞的手下進行交談，原來撒瑪利亞在利用這次疫情，采集市民的DNA，以實現(xiàn)控制人類的目的。