五十年后的未來(lái)，世界遭到突如其來(lái)的怪物“荒神”的破壞而失去平衡。人類(lèi)文明的武器無(wú)法與荒神抗衡，生化科技企業(yè)“芬里爾”利用荒神細(xì)胞開(kāi)發(fā)出了名為“神機(jī)手”的生物兵器，并同時(shí)組織了特殊部隊(duì)“GOD EATER”。俄羅斯即將展開(kāi)歐亞地區(qū)的荒神掃蕩作戰(zhàn)，芬里爾派出三位神機(jī)手前來(lái)支援。
為了生存的人類(lèi)開(kāi)始了對(duì)抗“荒神”的武器研究中，之后生化科技企業(yè)“芬里爾”利用“荒神”的細(xì)胞研究出一款能夠反“捕食”的生化武器“神機(jī)”，為了能夠延續(xù)人類(lèi)文明一場(chǎng)為了生存的戰(zhàn)爭(zhēng)就此開(kāi)始。
貌似找到生存之道的人類(lèi)當(dāng)與“荒神”真正接觸時(shí)才發(fā)現(xiàn)，這是一個(gè)怎么殺也殺不完的物種，而且有些“荒神”的個(gè)頭是難以想象的巨大，人類(lèi)也漸漸開(kāi)始消沉，而此時(shí)的主人公依舊堅(jiān)持自己的信念，決定要將所有的“荒神”全部消滅掉，奪回自由的世界……為了打倒荒神而成為噬神者的少年空木蓮華，成為了新型適合者，蓮華在測(cè)試訓(xùn)練中的優(yōu)秀表現(xiàn)令雨宮三佐側(cè)目，但蓮華總是為了救他人而將自己置于危險(xiǎn)之中，這點(diǎn)令雨宮很擔(dān)憂。理想很好但現(xiàn)實(shí)很骨感，在一次次的挫敗中和身邊隊(duì)友的死亡中空木蓮華的內(nèi)心除了對(duì)“荒神”的憎恨與憤怒卻什么都改變不了。