科學(xué)家們?cè)谒阉?Atlantis 城區(qū)的時(shí)候，在一個(gè)病毒實(shí)驗(yàn)室發(fā)現(xiàn)了一些破碎的容器，然后隊(duì)員們相繼開(kāi)始出現(xiàn)鬼魂的幻覺(jué)，6個(gè)小時(shí)后導(dǎo)致腦動(dòng)脈破裂而死。一個(gè)病人由于過(guò)度的驚嚇在城區(qū)四處亂竄，Atlantis 全面戒嚴(yán)?！　∪欢?個(gè)小時(shí)過(guò)去后，McKay 卻并沒(méi)有死亡，原來(lái)是他體內(nèi)的古人基因保護(hù)了他（他第一個(gè)接受了基因改造），在顯微鏡下，Carson 發(fā)現(xiàn)它是一種專(zhuān)門(mén)用于殺死普通的人類(lèi)的納米病毒（納米機(jī)器）。但是現(xiàn)在只有 48% 的人有條件接受基因治療，所以更有效的辦法是制造一個(gè)強(qiáng)電磁脈沖（EMP），消滅所有的納米機(jī)器。于是 Sheppard 帶著一個(gè) Naquadah 發(fā)電機(jī)飛到城市上空 20 英里處引爆，爆炸產(chǎn)生的 EMP 消滅了病毒。